Hay muchos rompecabezas en la serie Assassin’s Creed. El más famoso es probablemente el rompecabezas de Altair, que aparece en el primer juego de la serie. El rompecabezas requiere que el jugador utilice información del juego para resolver una serie de problemas matemáticos. Otros puzles de la serie son el de la espada en Assassin’s Creed II y el del águila en Assassin’s Creed III. Estos rompecabezas suelen requerir que el jugador utilice diferentes habilidades y recursos para resolverlos. También pueden ser muy desafiantes, especialmente para los jugadores que nunca han jugado a un juego de Assassin’s Creed. Aunque ninguno de los puzles de la serie es especialmente difícil de resolver, todos son un reto agradable para los fans del juego.